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A evolução dos fungos acontecem desde que os fungos se divergiram de outras formas de vida há cerca de 1500 milhões de anos, com os glomerales ramificando-se dos fungos superiores há aproximadamente 570 milhões de anos de acordo com a análise de DNA.[1][2] Os fungos provavelmente colonizaram a terra durante o Cambriano, há mais de 500 milhões de anos,[2] e possivelmente há 635 milhões de anos, durante o Ediacarano,[3][4] mas os fósseis terrestres só se tornaram incontroversos e comuns durante o Devoniano, há 400 milhões de anos.[2]
Evidências da análise de DNA sugerem que todos os fungos são descendentes de um ancestral comum mais recente que viveu pelo menos há 1200 a 1500 milhões de anos. É provável que esses primeiros fungos vivessem na água e tivessem flagelos.[5]
Os primeiros fósseis de fungos terrestres, ou pelo menos fósseis semelhantes a fungos, foram encontrados no sul da China há cerca de 635 milhões de anos. Os pesquisadores que relataram esses fósseis sugeriram que esses organismos semelhantes a fungos podem ter desempenhado um papel na oxigenação da atmosfera da Terra após as glaciações criogenianas.[3]
Há cerca de 250 milhões de anos, os fungos se tornaram abundantes em muitas áreas, com base no registro fóssil, e poderiam até ter sido a forma de vida dominante na Terra naquela época.[5]